Новочеркасский музей истории донского казачества представляет богатейшее музейное собрание, уникальное по своему составу, насчитывающее более 200 тысяч хранения предметов, из них основного фонда свыше 151 тысячи предметов. Особое место в составе коллекции занимают реликвии донского казачества, связанные с лучшими его традициями: великолепные по своей художественной обработке и красоте образцы холодного оружия ХVIII – ХIХ в.в., наградное оружие представителей генералитета и офицеров Донского казачьего войска. Гордость музея – коллекция полковых и наградных знамен, бунчуков, штандартов донского казачества ХVIII-ХХ в.в. Коллекция орденов и медалей ХIХ – ХХ в. олицетворяет собой воинскую доблесть, отвагу и славу донских казаков, принимавших участие во всех войнах, пережитых нашим народом. Коллекция предметов быта и декоративно-прикладного искусства дает представление о культуре и быте казачьего слоя населения Дона. Обширная живописная коллекция включает произведения западно-европейской живописи и графики, а также работы известных русских художников и современных авторов. Коллекции фотографий, документов, редких книг и газет содержат материалы по истории донского казачества, отдельным казачьим фамилиям, защитникам Отечества.
С момента открытия Донского музея (1899 г.) его фонды составляли в основном естественно-научные коллекции: минералогия, палеонтология, археология, кроме того собирался исторический архив Войска донского и библиотека редкой книги.
В 1900 году фонды пополнились и войсковыми регалиями, переданными из Войскового управления по указанию Военного министра А. Н. Куропаткина. Жители Дона передавали личные вещи и оружие своих знаменитых предков. В общей сложности к 1902 году в музее уже насчитывалось около 3000 предметов.
Революционные события и гражданская война драматически отразились на судьбе музея. По приказу Войскового атамана А. П. Богаевского от 19 декабря 1919 года из Донского музея за границу были вывезены все регалии, предметы этнографии и нумизматики, царские грамоты, знамена, и другие предметы из драгоценных металлов. Всего более 5 тыс. предметов.
И все же музею удалось пережить политические потрясения. Так, в 1920-е годы в нем уже сформировался уникальный художественный отдел.
После Великой Отечественной войны музей обрел новые коллекции. В начале 1946 года его фонды пополнились произведениями художников-передвижников из собрания Н. Н. Дубовского, уроженца г. Новочеркасска. В этом же году из Пражского национального музея были возвращены 2750 предметов из числа ценностей Донского музея, вывезенных белыми казаками в 1919 году. С 1950-х годов комплектование фондов осуществляется по разделам истории донского казачества, общего краеведения и художественного искусства.
В наши дни Новочеркасский музей истории донского казачества – это сложившийся музейный комплекс, в который составной частью входят филиалы: Атаманский дворец, дом-музей художника-пейзажиста И. И. Крылова, мемориальный дом –музей художника –баталиста М. Б. Грекова.
Он превратился в важный культурный центр не только города Новочеркасска, но и Ростовской области. В настоящее время в НМИДК сформировано 19 коллекций.